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Omicron, il “supermutante” del Botswana: ecco la variante B.1.1.529 del COVID

© REUTERSSudafrica coronavirus
Sudafrica coronavirus - Sputnik Italia, 1920, 04.12.2021
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La rivista britannica Daily Mail ha riportato mercoledì la comparsa in Africa meridionale di una variante altamente mutata e potenzialmente molto pericolosa di SARS-CoV-2. La notizia è stata confermata giovedì dall'Istituto Nazionale sudafricano di Malattie Infettive.
Sono state registrate 32 mutazioni nella proteina Spike della variante del coronavirus, identificata con il codice B.1.1.529, molto più che in qualsiasi altro esemplare. La variante si sta diffondendo rapidamente in Sudafrica ed è già diventato il ceppo dominante nella provincia centrale del Paese, soppiantando la Delta.

Peggio di Delta

Il primo caso è stato registrato l'11 novembre in Botswana, tre giorni dopo in Sudafrica e a Hong Kong, in una persona arrivata dal Sudafrica. Il Servizio sanitario nazionale sudafricano ha segnalato 22 casi, ma gli esperti credono che ce ne siano molti di più, poiché la variante B.1.1.529 sta probabilmente circolando dall'inizio del mese. Solo che non è stata identificata immediatamente: infatti, la sua sequenza è troppo dissimile dagli altri ceppi.
"È cambiata molto, presenta molte mutazioni nella proteina Spike", osserva Dmitri Pruss, genetista di Salt Lake City, su Facebook.
Gli scienziati sono rimasti scioccati dalle caratteristiche di B.1.1.529. Il virologo Tom Peacock, dell'Imperial College di Londra, ha descritto tale combinazione di mutazioni come terrificante, in un commento al Daily Mail. Secondo lui, questa variante potrebbe essere "peggiore di tutte le altre", compresa la Delta, che domina sulle altre a livello globale.
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L'esperto teme che la variante ‘Botswana’ sia in grado di eludere i vaccini e gli anticorpi monoclonali usati per trattare il COVID-19. In particolare, tra le 32 mutazioni ci sono K417N e E484A, presenti anche nella Beta ‘sudafricana’. Si riscontra la presenza di N440K, registrata anche nella Delta, e di S477N, riscontrata anche nella Iota di New York.
Questa struttura rende più facile eludere gli anticorpi derivati dal vaccino. Inoltre, una delle mutazioni, la N501Y, registrata anche nei ceppi Alfa e Beta, aumenta il contagio. Ci sono poi molti altri cambiamenti, il cui ruolo non è ancora chiaro.

Africa meridionale in difficoltà

Le previsioni più oscure sembrano avverarsi. Poche ore fa la NGS-SA, la Rete di sorveglianza genomica del Sudafrica, ha riferito che da metà novembre, nella provincia centrale di Gauteng, sede delle più grandi città del paese Johannesburg e Pretoria, B.1.1.529 aveva completamente soppiantato la Delta e si stava diffondendo rapidamente in altre regioni.
"Tecnicamente, questo potrebbe significare che il nuovo ceppo è circa 5 volte più infettivo della Delta. Ma non necessariamente potrà essere in grado di ottenere lo stesso vantaggio altrove", commenta Dmitri Pruss.
"I casi rilevati e la percentuale di tamponi positivi stanno aumentando rapidamente, soprattutto nel Gauteng, nella Provincia del Nordovest e nel Limpopo", si legge sul sito web dell'Istituto nazionale delle malattie infettive del Sudafrica (NICD).
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Da dove viene il nuovo ceppo

Sono state registrate più volte modifiche multiple al genoma del SARS-CoV-2 in campioni prelevati da pazienti cronicamente immunocompromessi. Il virus può rimanere nel loro corpo per mesi, accumulando gradualmente mutazioni e non riuscendo a incontrare la reazione adeguata del sistema immunitario. Questo è stato anche il caso della variante Alfa. Così gli scienziati hanno subito ipotizzato che la “super-mutante” si sia originata da un'infezione prolungata in un paziente immunocompromesso, forse un malato di AIDS.
"Non sorprende che la nuova variante sia stata trovata in Sudafrica", ha dichiarato il professor Adrian Puren, direttore esecutivo in carica del NICD.
Ci sono molte persone con l'HIV nel paese, ma le persone spesso non sono consapevoli della loro condizione. E il sequenziamento dell'RNA da campioni PCR positivi al coronavirus viene effettuato raramente.
Giovedì, il Ministero sudafricano della Salute ha annunciato che, secondo le stime, tutto sarebbe iniziato con due focolai dislocati presso l'Università di Pretoria e la Tshwane University of Technology.

Ai posteri l’ardua sentenza

Tuttavia, secondo gli scienziati, questa abbondanza di mutazioni potrebbe anche agire ai danni del virus, rendendolo instabile. Quindi, è ancora troppo presto per capire se il nuovo ceppo diventerà o meno un problema globale.
"Dobbiamo tenere d'occhio la situazione. Al momento non c'è motivo di preoccuparsi molto", sottolinea il genetista dell'University College di Londra Francois Ballou.
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"È difficile trarre delle conclusioni guardando unicamente alle mutazioni", aggiunge il professor Lawrence Young, virologo della Warwick University Medical School. “Ma tante mutazioni, alcune delle quali inesplorate, possono essere pericolose".
"I virus cambiano e nuove varianti inevitabilmente emergono. Non c'è bisogno di farsi prendere dal panico", ha sottolineato l'Istituto nazionale sudafricano di malattie infettive in un tweet.
La dottoressa Michelle Groom, responsabile della sorveglianza della salute pubblica presso il NICD, ha dichiarato che le autorità sanitarie erano in allerta e stavano dando priorità al sequenziamento dei campioni positivi al COVID-19. La comparsa di nuove varianti del virus, continua Groom, non toglie importanza alle misure non farmacologiche. Sono necessari vaccinazioni, maschere, igiene e distanziamento.
"La profilassi individuale può limitare notevolmente la diffusione di questo ceppo. La vaccinazione e un'infezione precedente costituiscono una buona protezione contro i decorsi più gravi della patologia e, anche se l'incidenza può aumentare, è improbabile che i ricoveri e i decessi aumentino significativamente rispetto alle ondate precedenti", osserva la portavoce del NICD.
Kamil Khafizov, a capo del gruppo di ricerca sullo sviluppo di nuovi metodi diagnostici, basati su tecnologie di sequenziamento, presso l'Istituto centrale di ricerca di epidemiologia del Servizio federale russo di protezione dei diritti dei consumatori e controllo della salute umana, sostiene che la variante non è stata ancora rilevata in Russia, ma c'è una probabilità che compaia.
Inoltre, lo scienziato ha assicurato che i tamponi nazionali sono anche in grado di rilevare B.1.1.529.
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"Dal momento che può essere rilevato con un tampone PCR convenzionale, questo lo renderà più facile da rintracciare", ha confermato il professor Tulio de Oliveira, direttore del Centro per la risposta epidemica e l'innovazione in Sudafrica, in un tweet.
Il database pubblico del genoma GISAID ha già aggiornato la relativa nomenclatura in modo che B.1.1.529 sia visibile tra i campioni caricati in precedenza e in quelli nuovi. "Questo è indicativo di una situazione di emergenza. Di solito ci vogliono settimane", sottolinea Dimitri Pruss.
Nella notte tra il 25 e il 26 novembre, il Regno Unito ha chiuso i collegamenti aerei con 6 Paesi africani (Botswana, Namibia, Lesotho, eSwatini e Zimbabwe), fino a che gli esperti non indagheranno sulle proprietà del “super-mutante” B.1.1.529.
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